生物学

药物基因组学_个体化实验分析_实验报告

文章目录一、实验目的1、（学会）收集特定癌种特定药物的包含药物响应与否相关的基因表达谱数据（TCGA/GEO）2、（掌握）根据响应信息将样本划分为耐药或者敏感两类3、（掌握）构建分类器4、…

生信蛋白质结构与功能确定【思维导图】（学习总结）

这个是根据老师上课的内容所做的笔记，大家可以参考的看一下。上面部分是大纲，下面是所有的思维导图。蛋白质结构与功能确定蛋白质数据库 PIR （protein informaon resources）【PSD】来自于Genbank，EMBL,DDBJ 会导…

易基因-MeRIP-seq揭示衰老和神经变性过程中m6A RNA甲基化修饰的保守下调机制

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2023年02月22日，《美国国家科学院院刊》(Proc Natl Acad Sci USA)期刊发表了题为“Conserved reduction of m6A RNA modifications during aging and neurodegeneration is lin…

易基因：ChIP-seq等揭示转录因子NRF1调控原始生殖细胞发育、增殖和存活的表观遗传机制｜科研进展

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。原始生殖细胞（Primordial germ cell，PGC）是生殖细胞前体，可以产生卵母细胞和精子，确保生命延续。尽管PGC特化（PGC …

【Paper reading】可变剪接预测ENCODEC数据集

可变剪接预测&ENCODEC数据集 1. Epigenome-based splicing prediction using a recurrent neural network 2. An integrative ENCODE resource for cancer genomics 文章目录可变剪接预测&ENCODEC数据集1. Epigenome-based splicing prediction using a recurrent ne…

BLAST背后的知识(一点原理)

文章目录一.替换计分矩阵：1.DNA序列比对的替换计分矩阵2.蛋白质序列比对的替换计分矩阵二.比对算法三.BLAST的一些参数一.替换计分矩阵： 1.DNA序列比对的替换计分矩阵 1.等价矩阵：最简单的一种替换计分矩阵，即相同核苷酸间匹配得…

易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示野生草莓干旱胁迫分子调控机制｜植物抗逆

大家好，这里专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。干旱胁迫是对农业生产产生不利影响的关键环境因素。为此，植物发展出各种响应机制（干旱逃逸、避免、耐受和回复），以通过进化增强抗旱性&#…

易基因：NAR：RCMS编辑系统在特定细胞RNA位点的靶向m5C甲基化和去甲基化研究｜项目文章

喜讯！易基因表观转录组学RNA-BS技术服务见刊《核酸研究》大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2024年2月15日，吉林大学张涛、赵飞宇、李金泽为共同第一作者，吉林大学李占军、隋婷婷及赖良…

易基因：动脉粥样硬化中的DNA甲基化和组蛋白修饰及其表观遗传治疗视角｜综述

动脉粥样硬化（Atherosclerosis, as）是一种以动脉血管壁炎症和斑块积聚为特征的血管病变，是大多数心血管疾病的重要病因。除了脂质沉积和慢性炎症外，越来越多的证据表明表观遗传修饰与动脉粥样硬化越来越相关，并从治疗和…

易基因：全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较（MeDIP、RRBS和WGBS）| 研究综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb…

AI大预言模型——ChatGPT在地学、GIS、气象、农业、生态、环境应用

原文链接：AI大预言模型——ChatGPT在地学、GIS、气象、农业、生态、环境应用一开启大模型 1 开启大模型 1)大模型的发展历程与最新功能 2)大模型的强大功能与应用场景 3)国内外经典大模型（ChatGPT、LLaMA、Gemini、DALLE、Midjourney、Stable Diff…

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图教程

详情点击链接：R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图教程前沿 R 语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。一：R和Rstudio简介及入门和…

项目文章：oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物

近日，徐州市中心医院（徐州医科大学徐州临床学院）史振铎等为第一作者、韩从辉教授为通讯作者在《Biomarker Research》杂志发表题为“Integrative multi-Omics analysis depicts the methylome and hydroxymethylome of recurrent bladder can…

易基因-单细胞甲基化测序单细胞转录组测序

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序高通量单细胞DNA甲基化测序简介单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术，传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单…

易基因｜一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：ACE-Seq

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑做组学科研服务的易基因。今天给大家介绍一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：APOBEC-coupled epigenetic sequencing，简称【ACE-seq】。前言 DNA序列中胞嘧啶（C）5’ 碳…

易基因：表观遗传学和表观转录组修饰在植物金属和准金属暴露中的作用 | 抗逆综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。非必需金属（non-essential metal）和准金属（metalloid，也称类金属）对土壤的污染是全球许多地区面临的严重问题。这些非必需金属…

二代测序之SNV检测总结笔记

二代测序之SNV检测总结笔记文章目录二代测序之SNV检测总结笔记Short variant calling的流程：测序常见错误：Germline：HaplotypeCaller （单倍体） in GATK过滤候选的Variant信息筛选流程：Somatic Calling Wor…

易基因：综合全基因组DNA甲基化和转录组学分析鉴定调控骨骼肌发育潜在基因 | 研究进展

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是骨骼肌发育中关键的表观遗传调控机制。但胚胎鸭骨骼肌发育中负责DNA甲基化的调控因子仍然未知。 2023年10月23日，南京农业大学动物科技学院于敏莉副教授团队在《…

生信反相蛋白质阵列 RPPA的相关学习记录

反相蛋白质阵列 RPPA的相关学习记录其基本原理是通过特异性抗体对凝胶电泳处理过的细胞或生物组织样品进行着色。通过分析着色的位置和着色深度获得特定蛋白质在所分析的细胞或组织中表达情况的信息。 RPPA DATA NORMALIZATION LEVELS（RPPA标准化水平数据&#x…

Python可视化概率统计和聚类学习分析生物指纹

🎯要点 🎯使用Jupyter Notebook执行Dash 应用，确定Dash输入输出，设计回调函数，Dash应用中包含函数。🎯使用Plotly绘图工具：配置图对象选项，将图转换为HTML、图像。使用数据集绘图…

易基因：全基因组DNA甲基化和小RNA分析揭示甘蓝型油菜种子的基因组不对称性 | 植物发育

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。多倍体是被子植物基因组进化中的一种持续现象，有助于现存开花植物的多样性。甘蓝型油菜（Brassica napus）是世界上最重要的被子植物油料作物品种之一&a…

易基因单细胞转录组测序（smart-seq2）｜技术推介

大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。今天跟大家介绍一下易基因的新产品：单细胞转录组测序（smart-seq2）。时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单…

易基因： Nature Biotech：番茄细菌性青枯病的噬菌体联合治疗｜国人佳作

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。生物防治是利用细菌接种剂来改变植物根际微生物群落的组成，但在以往研究中存在有接种的细菌在根际建立不良，与本地微生物组争夺资源，干扰本地微生物的…

易基因：WGBS等揭示丹参甲基化表征及DNA甲基化在丹参酮生物合成中的调控机制｜科研速递

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。丹参（Salvia miltiorrhiza，S. miltiorrhiza）是一种具有重要经济价值和药用价值的模式药用植物，丹参的根会合成一组称为丹参酮（…

易基因：DNA羟甲基化和TET酶在胎盘发育和妊娠结局中的作用 | 深度综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。胎盘是支持哺乳动物胚胎和胎儿发育所必需的临时器官。了解滋养层细胞分化和胎盘功能的分子机制可能有助于改善产科并发症的诊断和治疗。印迹基因是调控胎盘发育的基础，表观遗…

易基因：禾本科植物群落的病毒组丰度/组成与人为管理/植物多样性变化的相关性 | 宏病毒组

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。现代农业通过简化生态系统、引入新宿主物种和减少作物遗传多样性来影响植物病毒的出现。因此，更好理解农业生态中种植和未种植群落中的病毒分布，以及它们之间的病…

易基因：MeRIP-seq等揭示m6A reader YTHDF1在结直肠癌PD-1免疫治疗中的作｜Gut

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。结直肠癌（colorectal cancer ，CRC）是全球最常见的癌症之一，转移性CRC患者的5年生存率低于20%。免疫检查点阻断（Immune checkpo…

干货系列：高通量测序后的下游实验验证方法——m6A RNA甲基化篇｜易基因

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。此前，我们分享了m6A RNA甲基化研究的数据挖掘思路（点击查看详情），进而筛选出m6A修饰目标基因。做完MeRIP-seq测序后，如果需要对分…

基于R语言piecewiseSEM结构方程模型在生态环境领域技术教程

原文链接：基于R语言piecewiseSEM结构方程模型在生态环境领域技术应用https://mp.weixin.qq.com/s?__bizMzUzNTczMDMxMg&mid2247597092&idx7&sn176695e746eccff68e04edda6521f131&chksmfa823dc3cdf5b4d5b77181eb1bd9a2d659ff38e23c7ea78d33bc1cc7d0…

上海见 | 易基因科技与您相约2023年中国微生物学会学术年会

由中国微生物学会、上海市微生物学会主办，复旦大学、复旦大学上海医学院、上海交通大学、华东理工大学承办的“2023年中国微生物学会学术年会”将于2023年10月20—23日在上海光大会展中心有限公司国际大酒店举行。会议热忱欢迎全国从事微生物学研究、教学和微生物开…

易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组

1、原核甲基化原核生物中的DNA甲基化原核生物甲基化为什么基于三代测序？ 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。细菌中DNA甲基化…

项目文章 | 总石油烃-重金属污染与土壤微生态系统：细菌多样性、组装和生态功能研究

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组许科研服务的易基因。 2023年9月30日，中南大学张杜博士为第一作者、李骞教授为通讯作者在《Chemosphere》杂志上发表题为“Effects of single and combined contamination of total petroleum hydr…

易基因：人类大脑的单细胞DNA甲基化和3D基因组结构｜Science

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。高通通量表观基因组分析技术可用于阐明大脑中细胞复杂性的基因调控程序。5-甲基胞嘧啶 (5mCs)是哺乳动物基因组中最常见的修饰碱基，大多数5mCs发生在胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸&a…

浙江大学利用 SVM 优化触觉传感器，盲文识别率达 96.12%

生物传感是人类与机器、人类与环境、机器与环境交互的重要媒介。其中，触觉能够实现精准的环境感知，帮助使用者与复杂环境交互。为模仿人类的触觉，科研人员开发了各种传感器，以模拟皮肤对环境的感知。然而，触觉传感的要…

人工智能AI系列 - AI赋能生物医药 - DNA序列搜索

目录： http://aias.top/ DNA序列搜索本例子提供了DNA序列搜索，支持上传文件文件，使用spark mlib计算模型提取特征，并基于milvus向量引擎进行后续检索。引擎特性底层使用特征向量相似度搜索单台服务器十亿级数据的毫秒级搜索…